Durante seu mandato, Mujica recusou-se a morar no palácio presidencial, que foi oferecido para se tornar um refúgio de desabrigados. Morava com sua companheira (também ex-tupamara) — que, ao contrário do ex-presidente, pertenceu a uma família de classe alta — e seu cachorro de três patas em sua chácara, Rincón del Cerro, na zona rural da capital, onde construiu uma vida simples desde que foi liberto. Uma casa simples, cheia de livros e potes de vegetais para conserva, e onde ele cultivava crisântemos havia décadas.
— Quando estou no campo trabalhando com o trator, às vezes paro para ver como um passarinho constrói seu ninho. Ele nasceu com o programa. Ele já é arquiteto. Ninguém o ensinou — disse Mujica ao NYT, ao falar sobre a complexidade da natureza. — Eu admiro a natureza. Eu quase tenho uma espécie de panteísmo.
Vida política
No poder, foi responsável por um governo mais progressista, com a descriminalização do aborto e da maconha, além da legalização do casamento entre pessoas do mesmo sexo. O político também doou grande parte de seu salário na Presidência por considerar que no Uruguai “vivem muitas pessoas pobres”.
Foi sucedido no cargo por Tabaré Vázquez, reassumindo a sua cadeira no Senado. Em 2018, quando renunciou ao Senado pela primeira vez, disse em uma carta estar “cansado da longa viagem” e que iria se “refugiar na aposentadoria”. Menos de um ano depois, no entanto, candidatou-se novamente e foi eleito. Ocupou o cargo até o ano de 2020, quando decidiu renunciar definitivamente e se aposentar da vida política por motivos de saúde.
— Espero que a vida humana seja prolongada, mas estou preocupado — disse Mujica na entrevista ao NYT. — Há muitas pessoas loucas com armas atômicas. Muito fanatismo. Deveríamos estar construindo moinhos de vento. No entanto, gastamos em armas. Que animal complicado é o homem. Ele é inteligente e estúpido.